HOMD ::species::Streptococcus intermedius

Species: Streptococcus intermedius (HMT-644)

Each rank name is a link to abundance plots at that rank:
Full Lineage: Bacteria; Bacillota; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus intermedius

LINKS: Ecology Home | HMT-644: Body Sites Data | HMT-644: Taxon Description | Life Page: Streptococcus intermedius

Oral:	SUBP-- Subgingival Plaque	SUPP -- Supragingival Plaque	PERIO -- Periodontal	AKE -- Attached Keratinized Gingiva	BMU -- Buccal Mucosa
Oral:	HPA -- Hard Palate	SAL -- Saliva	THR -- Throat	PTO -- Palatine Tonsils	TDO -- Tongue Dorsum
Nasal:	ANA -- Anterior Nares
Skin:	LRC -- L_Retroauricular Crease	RRC -- R_Retroauricular Crease	LAF -- L_Antecubital Fossa	RAF -- R_Antecubital Fossa
Vaginal:	VIN -- Vaginal Introitus	MVA -- Mid Vagina	PFO -- Posterior Fornix
Gut:	STO -- Stool

Oral:

SUBP-- Subgingival Plaque

SUPP -- Supragingival Plaque

PERIO -- Periodontal

AKE -- Attached Keratinized Gingiva

BMU -- Buccal Mucosa

HPA -- Hard Palate

SAL -- Saliva

THR -- Throat

PTO -- Palatine Tonsils

TDO -- Tongue Dorsum

Nasal:

ANA -- Anterior Nares

Skin:

LRC -- L_Retroauricular Crease

RRC -- R_Retroauricular Crease

LAF -- L_Antecubital Fossa

RAF -- R_Antecubital Fossa

Vaginal:

VIN -- Vaginal Introitus

MVA -- Mid Vagina

PFO -- Posterior Fornix

Gut:

STO -- Stool

Prev - Prevalence
10^thp - 10^th percentile
90^thp - 90^th percentile
ND - less than 0.001%

HMP 16S RefSeq (V1-V3) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.561	0.116	0.078	0.024	0.000	0.037	0.084	0.086	0.000	0.006	0.009	0.000	0.015	0.018	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.012	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.524	0.273	0.077	0.052	0.000	0.081	0.050	0.172	0.000	0.009	0.000	0.000	0.009	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.785	0.202	0.324	0.062	0.000	0.096	0.437	0.328	0.000	0.028	0.087	0.000	0.068	0.116	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	90.728	78.808	34.965	43.151	0.000	45.385	24.107	36.667	0.000	11.333	6.609	0.000	10.345	9.217	0.000	0.000	0.000	0.000

HMP 16S RefSeq (V3-V5) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.631	0.169	0.137	0.082	0.000	0.069	0.096	0.106	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.021	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.551	0.444	0.204	0.264	0.000	0.176	0.099	0.241	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.869	0.284	0.617	0.182	0.000	0.142	0.430	0.396	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	91.605	79.512	31.111	45.658	0.000	63.095	28.037	37.713	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000

Dewhirst (35x9) (not published)

** View Notes (mouse over) **

Notes:
Reads equally close to HMT 576 and 644 were assigned half to each taxon.

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA
Avg (%)	0.982	0.569	0.159	0.105	0.304	0.032	0.054	0.178	0.012	0.003
10^thp	0.002	0.016	0.000	0.002	0.004	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	2.686	1.444	0.357	0.294	0.757	0.086	0.171	0.881	0.026	0.002
Stdev	1.663	0.839	0.433	0.160	0.754	0.041	0.103	0.427	0.018	0.008
Prev(%)	94.595	100.000	86.047	91.429	92.857	96.000	87.879	83.871	80.000	10.000

HMP Metaphlan (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	PERIO	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.521	0.095	0.333	0.184	0.008	0.000	0.040	0.057	0.057	0.001	0.000	0.001	0.000	0.000	0.000	0.001	0.000	0.000
10^thp	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.188	0.245	0.455	0.346	0.020	0.000	0.112	0.000	0.068	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.593	0.177	1.079	0.478	0.035	0.000	0.054	0.228	0.204	0.006	0.000	0.004	0.002	0.000	0.000	0.003	0.000	0.001
Prev(%)	87.500	69.949	45.833	47.059	12.500	0.000	50.000	6.250	20.000	3.521	0.000	4.167	3.125	0.000	0.000	7.143	0.000	0.182

Eren V1-V3 www.pnas.org

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	STO
Avg (%)	0.405	0.099	0.057	0.022	0.011	0.033	0.119	0.051	0.004	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.306	0.252	0.025	0.052	0.048	0.079	0.053	0.040	0.015	0.000
Stdev	0.511	0.160	0.317	0.049	0.024	0.072	0.565	0.290	0.011	0.002
Prev(%)	83.117	61.039	15.584	44.156	23.377	40.260	25.974	23.377	14.286	1.299

Eren V3-V5 www.pnas.org

** View Notes (mouse over) **

Notes:
Reads equally close to S. constellatus and S. intermedius were assigned to S. intermedius.

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	STO
Avg (%)	0.657	0.175	0.040	0.037	0.033	0.050	0.067	0.257	0.007	0.000
10^thp	0.027	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.500	0.411	0.031	0.110	0.099	0.111	0.123	0.498	0.031	0.000
Stdev	0.861	0.298	0.247	0.077	0.067	0.123	0.274	0.753	0.019	0.001
Prev(%)	91.216	81.081	17.568	47.973	45.270	53.378	39.189	60.811	19.595	1.399

Copyright 2007-2025, The Forsyth Institute
Hosted on Amazon AWS EC2