HOMD ::Species:Leptotrichia sp. HMT-223

Taxonomy: V4.1 | 16S rRNA RefSeq: V16.03 | Genomic RefSeq: V11.02 | Viruses: V1.2

Species: Leptotrichia sp. HMT-223 (HMT-223)

Download Options

Full Lineage: Bacteria; Fusobacteriota; Fusobacteriia; Fusobacteriales; Leptotrichiaceae; Leptotrichia; Leptotrichia sp. HMT-223 Each rank name is a link to abundance plots at that rank:

LINKS: Ecology Home | HMT-223: Body Sites Data | HMT-223: Taxon Description | Life Page: Leptotrichia sp. HMT-223

Hide Legend

Oral:

SUBP-- Subgingival Plaque

SUPP -- Supragingival Plaque

PERIO -- Periodontal

AKE -- Attached Keratinized Gingiva

BMU -- Buccal Mucosa

HPA -- Hard Palate

SAL -- Saliva

THR -- Throat

PTO -- Palatine Tonsils

TDO -- Tongue Dorsum

Nasal:

ANA -- Anterior Nares

Skin:

LRC -- L_Retroauricular Crease

RRC -- R_Retroauricular Crease

LAF -- L_Antecubital Fossa

RAF -- R_Antecubital Fossa

Vaginal:

VIN -- Vaginal Introitus

MVA -- Mid Vagina

PFO -- Posterior Fornix

Gut:

STO -- Stool

Prev - Prevalence
10^thp - 10^th percentile
90^thp - 90^th percentile
ND - less than 0.001%

HMP 16S RefSeq (V1-V3) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.077	0.014	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.007	0.002	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.172	0.036	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.018	0.008	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.441	0.045	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.022	0.008	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	29.801	20.530	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	20.667	12.903	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000

HMP 16S RefSeq (V3-V5) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.066	0.022	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.005	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.165	0.051	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.296	0.076	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.021	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	32.099	22.439	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	9.246	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000

Dewhirst (35x9) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA
Avg (%)	0.091	0.014	0.008	0.008	0.004	0.001	0.002	0.011	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.163	0.008	0.005	0.017	0.006	0.003	0.008	0.003	0.000	0.000
Stdev	0.329	0.061	0.037	0.027	0.014	0.004	0.005	0.057	0.001	0.000
Prev(%)	28.378	23.529	18.605	28.571	14.286	14.000	15.152	22.581	10.000	0.000

HMP Metaphlan (not published)

No Notes

Eren V1-V3 www.pnas.org

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	STO
Avg (%)	0.147	0.030	0.000	0.007	0.002	0.007	0.001	0.003	0.002	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.182	0.078	0.000	0.000	0.000	0.006	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.852	0.089	0.003	0.029	0.009	0.034	0.006	0.025	0.008	0.000
Prev(%)	24.675	23.377	1.299	9.091	5.195	10.390	2.597	3.896	5.195	0.000

Eren V3-V5 www.pnas.org

No Notes