HOMD ::klass::Synergistia

Class: Synergistia

Each rank name is a link to abundance plots at that rank:
Full Lineage: Bacteria; Synergistota; Synergistia
Lower rank member(s): [Order:Synergistales]
Genera:

LINKS: Ecology Home | Life Page: Synergistia

Oral:	SUBP-- Subgingival Plaque	SUPP -- Supragingival Plaque	PERIO -- Periodontal	AKE -- Attached Keratinized Gingiva	BMU -- Buccal Mucosa
Oral:	HPA -- Hard Palate	SAL -- Saliva	THR -- Throat	PTO -- Palatine Tonsils	TDO -- Tongue Dorsum
Nasal:	ANA -- Anterior Nares
Skin:	LRC -- L_Retroauricular Crease	RRC -- R_Retroauricular Crease	LAF -- L_Antecubital Fossa	RAF -- R_Antecubital Fossa
Vaginal:	VIN -- Vaginal Introitus	MVA -- Mid Vagina	PFO -- Posterior Fornix
Gut:	STO -- Stool

Oral:

SUBP-- Subgingival Plaque

SUPP -- Supragingival Plaque

PERIO -- Periodontal

AKE -- Attached Keratinized Gingiva

BMU -- Buccal Mucosa

HPA -- Hard Palate

SAL -- Saliva

THR -- Throat

PTO -- Palatine Tonsils

TDO -- Tongue Dorsum

Nasal:

ANA -- Anterior Nares

Skin:

LRC -- L_Retroauricular Crease

RRC -- R_Retroauricular Crease

LAF -- L_Antecubital Fossa

RAF -- R_Antecubital Fossa

Vaginal:

VIN -- Vaginal Introitus

MVA -- Mid Vagina

PFO -- Posterior Fornix

Gut:

STO -- Stool

Prev - Prevalence
10^thp - 10^th percentile
90^thp - 90^th percentile
ND - less than 0.001%

HMP 16S RefSeq (V1-V3) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.213	0.023	0.000	0.000	0.000	0.000	0.013	0.051	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.006	0.000	0.157	0.010	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.739	0.050	0.000	0.000	0.000	0.000	0.012	0.083	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.499	0.077	0.000	0.000	0.000	0.000	0.072	0.176	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.094	0.000	1.183	0.056	0.000
Prev(%)	47.682	17.881	0.000	0.000	0.000	0.000	11.310	33.333	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.461	0.000	9.459	3.947	0.000

HMP 16S RefSeq (V3-V5) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.287	0.033	0.000	0.000	0.000	0.000	0.020	0.056	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.070	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.943	0.055	0.000	0.000	0.000	0.000	0.038	0.149	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.678	0.150	0.000	0.000	0.000	0.000	0.086	0.156	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.870	0.000	0.000
Prev(%)	46.667	20.000	0.000	0.000	0.000	0.000	14.019	32.117	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	3.825	0.000	0.000

Dewhirst (35x9) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA
Avg (%)	0.392	0.024	0.004	0.032	0.009	0.006	0.009	0.072	0.001	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.972	0.126	0.004	0.143	0.031	0.018	0.024	0.097	0.002	0.000
Stdev	1.200	0.048	0.013	0.078	0.021	0.012	0.023	0.277	0.003	0.000
Prev(%)	43.243	47.059	20.930	51.429	28.571	46.000	42.424	45.161	17.500	0.000

HMP Metaphlan (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	PERIO	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.060	0.008	0.625	0.000	0.002	0.000	0.013	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.001
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.222	0.020	2.002	0.000	0.000	0.000	0.030	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.112	0.034	0.855	0.000	0.029	0.000	0.035	0.000	0.000	0.007	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.006
Prev(%)	45.833	12.626	75.000	0.000	1.064	0.000	12.500	0.000	0.000	0.235	0.450	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	1.273

Eren V1-V3 www.pnas.org

No Notes

Eren V3-V5 www.pnas.org

No Notes

Copyright 2007-2025, The Forsyth Institute
Hosted on Amazon AWS EC2