HOMD ::genus::Peptidiphaga

HOME
Taxonomy
Genomes
Proteomes
16S rRNA Microbiome
Animal Microbiomes
- Mouse (MOMD)
Downloads
- Download Batch HOMD Data
- HOMD FTP Site
Resources/Tools
About Us

Taxonomy: V4.0 | 16S rRNA RefSeq: V16.02 | Genomic RefSeq: V11.01

Genus: Peptidiphaga

Download Options

Each rank name is a link to abundance plots at that rank:
Full Lineage: Bacteria; Actinomycetota; Actinomycetes; Actinomycetales; Actinomycetaceae; Peptidiphaga
Lower rank member(s): [Species:Peptidiphaga gingivicola] [Species:Peptidiphaga sp. HMT-183]

LINKS: Ecology Home | Life Page: Peptidiphaga

Oral:	SUBP-- Subgingival Plaque	SUPP -- Supragingival Plaque	PERIO -- Periodontal	AKE -- Attached Keratinized Gingiva	BMU -- Buccal Mucosa
Oral:	HPA -- Hard Palate	SAL -- Saliva	THR -- Throat	PTO -- Palatine Tonsils	TDO -- Tongue Dorsum
Nasal:	ANA -- Anterior Nares
Skin:	LRC -- L_Retroauricular Crease	RRC -- R_Retroauricular Crease	LAF -- L_Antecubital Fossa	RAF -- R_Antecubital Fossa
Vaginal:	VIN -- Vaginal Introitus	MVA -- Mid Vagina	PFO -- Posterior Fornix
Gut:	STO -- Stool

Oral:

SUBP-- Subgingival Plaque

SUPP -- Supragingival Plaque

PERIO -- Periodontal

AKE -- Attached Keratinized Gingiva

BMU -- Buccal Mucosa

HPA -- Hard Palate

SAL -- Saliva

THR -- Throat

PTO -- Palatine Tonsils

TDO -- Tongue Dorsum

Nasal:

ANA -- Anterior Nares

Skin:

LRC -- L_Retroauricular Crease

RRC -- R_Retroauricular Crease

LAF -- L_Antecubital Fossa

RAF -- R_Antecubital Fossa

Vaginal:

VIN -- Vaginal Introitus

MVA -- Mid Vagina

PFO -- Posterior Fornix

Gut:

STO -- Stool

Prev - Prevalence
10^thp - 10^th percentile
90^thp - 90^th percentile
ND - less than 0.001%

HMP 16S RefSeq (V1-V3) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.677	0.733	0.039	0.093	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.017	0.012	0.000	0.032	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.751	2.240	0.027	0.113	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	1.553	1.813	0.296	0.699	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.193	0.116	0.000	0.255	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	74.172	73.510	16.084	29.452	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	5.460	5.382	0.000	5.530	0.000	0.000	0.000	0.000

HMP 16S RefSeq (V3-V5) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	LAF	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.657	0.748	0.036	0.068	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.673	1.679	0.024	0.109	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	1.363	1.866	0.318	0.543	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Prev(%)	79.506	76.829	11.111	26.303	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000

Dewhirst (35x9) (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA
Avg (%)	0.435	1.077	0.014	0.014	0.056	0.003	0.002	0.001	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.001	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.953	2.138	0.020	0.021	0.028	0.008	0.006	0.003	0.000	0.000
Stdev	0.905	2.397	0.037	0.042	0.258	0.006	0.004	0.002	0.001	0.000
Prev(%)	82.432	88.235	41.860	57.143	46.429	46.000	27.273	19.355	10.000	0.000

HMP Metaphlan (not published)

No Notes

	SUBP	SUPP	PERIO	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	ANA	LRC	RRC	RAF	VIN	MVA	PFO	STO
Avg (%)	0.075	0.118	0.970	0.002	0.008	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.065	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	0.064	0.260	1.348	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	0.324	0.376	2.804	0.010	0.065	0.000	0.000	0.000	0.000	0.006	0.000	0.002	0.369	0.000	0.000	0.000	0.001	0.000
Prev(%)	16.667	34.343	50.000	5.882	5.585	0.000	0.000	0.000	0.000	0.704	0.000	4.167	3.125	0.000	0.000	0.000	0.505	0.000

Eren V1-V3 www.pnas.org

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	STO
Avg (%)	0.518	0.496	0.003	0.109	0.004	0.025	0.004	0.001	0.000	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.706	1.068	0.000	0.050	0.002	0.037	0.000	0.000	0.000	0.000
Stdev	1.156	0.976	0.011	0.845	0.015	0.113	0.015	0.007	0.002	0.000
Prev(%)	64.935	63.636	7.792	16.883	10.390	19.481	7.792	3.896	1.299	0.000

Eren V3-V5 www.pnas.org

No Notes

	SUBP	SUPP	AKE	BMU	HPA	SAL	THR	PTO	TDO	STO
Avg (%)	0.593	0.565	0.037	0.053	0.016	0.018	0.006	0.008	0.002	0.000
10^thp	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000	0.000
90^thp	1.469	1.428	0.000	0.076	0.025	0.054	0.024	0.028	0.000	0.000
Stdev	1.250	0.904	0.418	0.244	0.108	0.048	0.018	0.026	0.011	0.000
Prev(%)	72.973	75.000	6.081	27.027	16.892	26.351	14.189	14.189	5.405	0.000