Université Paris Sud

CRISPRs found in the submitted sequence(s)


Sequence: W83

Sequence description :
Length (bp): 2343476
Number of CRISPRs candidates = 7
Confirmed CRISPRs = 4Questionable CRISPRs = 3
CRISPRs candidates localization

Rebuild a CRISPR, modify the DR sequence

Confirmed CRISPRs (4)
CRISPR id : tmp_1_Crispr_1
375957 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC TTCTTGTCGAAGTAAAACATCTTGCCTCCA 376022
376023 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC CATAGACGTAAGGCATACCCGTTTCGATCT 376088
376089 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC ATAAGACTATATCTTATATAACCAAATTCT 376154
376155 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC TCAAGGGTCGGGTTCTTGACCTTACCTCCA 376220
376221 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC TATAAAGGTTTGTTCAAGGAATGTGCTACC 376286
376287 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC GATGCGGACAACGTCCCTGTACTCCGTCTT 376352
376353 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC AGTCGATTAGCTCGTCCGCCGACACGTCTT 376418
376419 GTTGGATCTACCCTCTATTCGAAGGGTACACACAAC 376454
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_2
1243692 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC TCCTGCTCCTGAGGATGTGGAAGAAAAGGT 1243757
1243758 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC GCAATCACAAAAACTTATAACGATGCGTTT 1243823
1243824 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC GACAACGCTACCGTTCAGGCTTGGGACAAC 1243889
1243890 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC GCAATCACAAAAACTTATAACGATGCGTTT 1243955
1243956 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC GACAACGCTACCGTTCAGGCTTGGGACAAC 1244021
1244022 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC ATTACTAAAGAAATTACTAAAGATGTTGTA 1244087
1244088 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC ATTTGTATCAGATTTGGCTCAAAAATGGGA 1244153
1244154 GTTGTCTCCACCCTTCTAACTAAGGGTATTCCCAAC 1244189
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_6
2068360 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG AACGTATTACTAAAGCAGAAAAACAAGCATTTGT 2068430
2068431 GTCTTAATAGCCTTACAGACTGTGTATGTATAGTGAG AAAATTAATTGAACTTATAAAATGTTCTTAATCT 2068501
2068502 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG AATTAGACTCTCCAATTGGATACCAAACTTATCAAA 2068574
2068575 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG TGCAGGGAGTTGGTTCAGCAAAAACCCCGCTGTC 2068645
2068646 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG ATTGAGGAAGAAGGAGTAGAAAAGCCCTATACTCACAA 2068720
2068721 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG TCAAAAATTGTAAAACTTATTAAGTCATGGCGAAACA 2068794
2068795 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG TCCGATAGAATGGGTACTTTACCTCATGGTCAGTGA 2068867
2068868 GTCTTAATAGCCTTACGGACTGTGTATGTATAGTGAG 2068904
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_7
2102526 ATTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTTCGATTGGCCCGTAAGGGAATTCGCAGCCAAAGC 2102591
2102592 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GATCCGATTCGTCTGCGTCGTCGAGCATAAAGGCG 2102656
2102657 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAAAACGACAGCGTGAAGTCGCCGGAGAGGCTGAT 2102721
2102722 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AATAAAGCAGATTGGGAAAATCCTATATGTACTTT 2102786
2102787 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAGGTTAGTAAAATAGAGGTGTTCGCCGTAATATACT 2102853
2102854 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTGCAAACTCGTACCTATCCACTGCAGGCTTGGCTTC 2102920
2102921 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGCTATAACCCTCGATGAGTACTACGAGGGAAATGGC 2102987
2102988 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GAAGTAGTTCTCGCTCGCTACCGAGAACGCTTCTTC 2103053
2103054 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTTCAGTCGGTAGCGAAAACTACTTTTTATTTC 2103117
2103118 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AACGCATTTTATGTGCGCCAAGATAATTGGGGCAT 2103182
2103183 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTACGGCAAAAGGGTTTAGATACCTAATGGAAAAATC 2103249
2103250 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CATTTTTACAATGGATGCCGAAACCGACAGTCTAA 2103314
2103315 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAGAAAGAAGAAAGAATAAGTAGAAATAAAGATGAT 2103380
2103381 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAATGTTACACAATGGTATACTGATGATGGTAAACTT 2103447
2103448 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTACGAATATCTAACGATGATACTATAGTGCAGTTTT 2103514
2103515 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAAATCAATCAGACAGTATCAAATGAAGTGCGGATAC 2103581
2103582 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTATAAAAGAAATTCCAAGAGAGCATGATTCTGAG 2103646
2103647 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTAGCAGACGAAGACGATTTTTTCAATGTAGTAAA 2103711
2103712 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACAAGATGGTAAAATGTTTGCTAATCTTAAAACTTT 2103777
2103778 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GATTCTCTATATGTTCAGTTCAATACAATGCTGAAA 2103843
2103844 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGCGTATTTCGGTCTATCTCGTAGCGTTCGAAAAGC 2103909
2103910 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ATGATAGAGGAGATAGGACTCGCGCTCACCGATAC 2103974
2103975 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTCCCGGGTTGGGCAGCACGGCTTTGAGGAATTGG 2104039
2104040 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 2104069
Display spacers Crispr Properties





Questionable [*] CRISPRs ( 3 )
CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_3
1403525 TTGCTTACAATTCTATTCTTCTCATCGTGGTG AAAAAGCAGATCAGACACCGAGATCGTGGAGGA 1403589
1403590 TTGCTTACAATTCTATTCTTCTCATCGTGGTG 1403621
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_4
1633461 CCCGACTCGGCTCAAATCGCTGCCATGAAAGCAATGGC GGCAAAGATGAAAGCAAATGGAGGAAAGGGT 1633529
1633530 CCCGACTCGGCTCAAATCGCTGCCATGAAAGCAATGGC 1633567
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_5
2059926 GGAAGCCGTTGTCACGTGACAATCAC TCCGTGCATGATGCAGGAAGCCGTTGTCACGTGACAATCACTCCGTGCACGATGCA 2060007
2060008 GGAAGCCGTCGTCACGTGACAATCAC 2060033
Display spacers Crispr Properties




[*]There are two kinds of "questionable" CRISPRs: