CRISPRs found in the submitted sequence(s)

---

Sequence: HG66

Sequence description :
Length (bp): 2441780

Number of CRISPRs candidates = 8
Confirmed CRISPRs = 3	Questionable CRISPRs = 5
HG66_Crispr_4 HG66_Crispr_7 HG66_Crispr_8	HG66_PossibleCrispr_1 HG66_PossibleCrispr_2 HG66_PossibleCrispr_3 HG66_PossibleCrispr_5 HG66_PossibleCrispr_6
CRISPRs candidates localization

Rebuild a CRISPR, modify the DR sequence

Confirmed CRISPRs (3)

CRISPR id : tmp_1_Crispr_4

• CRISPR start position : 235525 ---------- CRISPR end position : 241887 ---------- CRISPR length : 6362
• DR consensus : GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT
• DR length : 30 Number of spacers : 96

235525	TGCAAAGGTCTCGTATGGTGCAATTGAAAT	GTGCCAGCTGCAGGGGGATGACATAGCCATTGACGA	235590
235591	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCCGCGCCGCGAGGTGGAGACCCTGCCGGAGGCGAA	235656
235657	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCTGAGAAAGAGGGGAGGGAGGAGCGATAGACGAAGT	235723
235724	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGAGAATCTATTGAGTAGCGAAGTCGTCACAAAGAT	235789
235790	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGCCATAGCTCTTCAATTTCAATTTCTTCTTTTAAT	235855
235856	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGAAAATAACAAAAATAGATATATTTATAAAAAAGA	235921
235922	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACTCTTATCATCTACTATCTCAAAAGCTCTTTTT	235985
235986	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCGCTATAACCCTATGTGATTCAGGAATCGGCTTGCTA	236053
236054	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GAAACATTCGAGCCGTATTCAATTACGCCATCAATG	236119
236120	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CACCCATTGTGCCGCCGTCCTGACCGAAAACTTCTTTA	236187
236188	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTTCTTCATCTCGCGCTTGCTCAAAAGCGCGTTCA	236253
236254	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGCATCAAGTCACGAACTTTCTGCGAGATGGAAA	236317
236318	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCGTCTCGAAAAAATATCGGGACGTTTTTGTTTTCT	236383
236384	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCGATCGTGATATAGTCGCCGCCTCGCCCGCCGCG	236448
236449	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GATGCATAAGTTCTGAGAGGGTAGCGGCCAAGATAC	236514
236515	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTTGAGGGCTATTTGCCCGCAGCTGTGTCCGTCAAAT	236581
236582	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATAGTGATAATATCCTACGTGCTTACCTCGGACTTC	236647
236648	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AAGCAAGAAACGATGAGCTTCTAATGAAACAAAAGA	236713
236714	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CTGGATTATCGAAGTCCTGTCTGAGGACGAACTGCAG	236780
236781	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CTCCTTCACTTTGTCGACAATGTGCACTGTATTTG	236845
236846	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGGCGGAGTATCTCTTTGCCACCCAGTCCGCGCGCA	236911
236912	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGTAACCGCCTCGGTAGACCGCTCCGCACGGTCGTT	236977
236978	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GTGCATTCCGGACAGCTTTCGCTTAAAAAGTTAGCGG	237044
237045	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AAGAACGAACGCCTGCGCGATAAGCACCGCGAGCGTA	237111
237112	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTTACCTGCAGACTTGTGCCCACCCACTTGATAGA	237177
237178	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGGTCACGGAGCGATACCATGAGTGTTTAGTAGATG	237243
237244	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGGAGGAGATCAGCTATGCGGATGATACCACCCGTG	237309
237310	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCAGAAAACTCGCGTCCATCTGATAGATGTACACGA	237375
237376	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TAAACGATCGAGGCGCGGAGACCCTCCTTGCCAGTA	237441
237442	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCGTTCAGGAAAAAGTAACCGAGCTGAAGACCATGCT	237508
237509	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGGTGCTATCGCAGGACTGCAGGACATCCTCAATC	237573
237574	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGCCGCTCGACTTGACGCCATGCAAAAACAGATAGA	237639
237640	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCTGCGAGTTGTGAGAGGCAATAAACTGCTGGGAGC	237705
237706	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTGATTCTATTCCATTGAAACCGACCTTTTTCGTTA	237771
237772	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GGGAAGCTGCTTTGCTCGCTGAGATAGCAGCACTTCA	237838
237839	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTTATTGACGCCACCCCGCCGACGAAAAAAAATCAT	237904
237905	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTTCGGTCTTTACGTTTGTCGCCACGGATACATGCT	237970
237971	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTGTAAATAAATTACATGGCTATTGAAAAACAAATT	238037
238038	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGAAGAGGGTAAACTATTTGCTAATCTTGAATGCTT	238103
238104	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCTCAATATCTTTCATAGCTACTAAAAATTTACGAA	238169
238170	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTGCTGTTAATTCTGTCATCTCTTATTTCTTTTA	238234
238235	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GTACTGATAATTACGCTGCAAGGTCAGACGGTGAT	238299
238300	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTGCCAGGGCTTGCTGATGCGCGCGTTCCAGCTGCT	238365
238366	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACAGAACCAGCTCCGTCAAATCTCCCGCTTTTTGTC	238431
238432	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGCCCCCTCACCCATCTAATCTCGAGCCGCTGAGCC	238497
238498	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATTCATTCGCTCAAGCGAGGGCATCCTGCTGCAGC	238563
238564	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GCTCGCGGAGGGAGAGGGTGCCGGTATCCTGCCTCC	238629
238630	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CTCGACCTGTACGAGACGGGATACGCCCCATCCTCG	238695
238696	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGAGTCTGTATGTGAAAGTGTAGTTCGAAACATTAT	238761
238762	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AGAATACTTTGAAGTTGTATTCAATTACTTTGAA	238825
238826	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCGTTGTGACAGAGCTGCGCCGTCGTGGCTATGATG	238891
238892	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGAAAGCCCGAAGATAATCTACACGCAAGATTGTTA	238957
238958	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGTCATCAGGTGGATATTCTTACTGCTATCCACGA	239022
239023	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCGTCTGCGACGTATCGCAGCTCTGCCAGCTCCGCG	239088
239089	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GAAGCCAAGGATATTGTGGCTTGTGAAATAGAACCG	239154
239155	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATAATCCGTTTACTCAAATTGATTTTATGGAAAATT	239221
239222	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TTTTAACGCTAATCTTAGCGATGACGATGGTGTATA	239287
239288	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TAGTCTTAGACTATATGCTATCTCCACCTCGGGACA	239353
239354	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AACTATGATATCATCAAATCCAACAAAAACACAATC	239419
239420	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATCATTCATCGGGGCGAAACACCCCCAGTTTGTTA	239485
239486	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TACCACGACGGCAAGCCCTGTCCGGCCGCGTACAGG	239551
239552	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGAGTAGACACGCCCCCACCGGCGACTCTGCCAGT	239616
239617	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACAGCAGTGTCTATGCAGTTCGTCTTTAACTTTT	239680
239681	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATCTGTATAAAGCTCTCCGAACAAGCCTTCCTTTC	239746
239747	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CAACATGCCTTTATTTATAATTTTAACACTTTCAATA	239813
239814	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGGGCATCCGTGTGGACGGTGCCGTCCGCCAAATGT	239879
239880	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AAAACAAACTCGAAGAAATGCTACAGCAGTACTGCG	239945
239946	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACAACAAATCCTAAAGGATTTGATGAGACAAAATCT	240011
240012	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGTAGAAACTCATGTATTCAGAGAAATGTTTAATCA	240077
240078	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GCGGATAGCGGAAGGTCACGCTGCCGGCGAGGCGAT	240143
240144	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CACAGCAACATGCATTCCATCAAGCTCAAGCGTATA	240209
240210	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GCATCTTCGCAGGAAAGAAGAAGGCTCCGTCCTCGA	240275
240276	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AACAGTCAAGGGGGAGCCGACCTCTCCGGCGGATTT	240341
240342	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GCAGTGCGGCCGACAAGGCTAACCTCGCTCAGCTGA	240407
240408	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AATCCATGTTCATGAGGAGAGGATACGAGTTCTATT	240473
240474	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCTTTTGCTATTGCAGCAAACATATACAATAATAA	240538
240539	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACTTCATGGATTTAGCGAGATACTCATTATAATTAA	240604
240605	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GCTCAAGCGTCCAAGAAAGTTCAAGAAATTGTACTA	240670
240671	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TACTATGGTGTCTGCATTTGAGATACGCAAATAGCAA	240737
240738	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCTCAATATCTTTCATTGCGACGAGAAATTTGCGAA	240803
240804	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	AATCTATGATGATATAGAAGAAGACGACTTGTTGTT	240869
240870	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTAATGATTTTCTGAAATAAAGAAGCAGTTGCATA	240935
240936	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CTCAATATCTTTCATTGCGACGAGGAACTTGCGAA	241000
241001	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CCCCGTGGTAACTCATACCACCGACTATTCCACCGT	241066
241067	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATTAATCCTGATAAAGCTGGAGCTAAAACTACTATT	241133
241134	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCTGGCTTTTTCATAAAATTTATCCATATCTACATT	241199
241200	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGATATAATTAAAAACCCCATTACTGTCTAAATT	241263
241264	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ATTTTTTTAGCAAGGTCTGTATCGCTTTCGAAAGAG	241329
241330	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TCAAGACTGTTAGGTCTTTCTTAGCTGAAGAAGGCTA	241396
241397	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TATACATCTTAATTGGTGCTTCTGAATCCTGATTT	241461
241462	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	GAAGAGTTCTATACCCAAGAGGCCAGTATTGACCC	241526
241527	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACATACCATATCCAATAGCGCCTTCCTCATAGATGC	241592
241593	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CTGCCACACGGACGTGTGCGTTATTGCGCATCTGTG	241658
241659	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	TGAAAAAAGAAGCAGAACGGGAGATCGTCGGATGAG	241724
241725	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	CGGGAGTAGCCGCCGGTTTCCTTCTTCCCCTACCAC	241790
241791	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT	ACGCGCATGTTGCGCATCCAAGAGCTTAAGCGGATAA	241857
241858	GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT		241887

Display spacers	Crispr Properties

[*]There are two kinds of "questionable" CRISPRs:

• Small CRISPRs, i.e structures having only two or three DRs
• Structures where the repeated motifs (DR in CRISPR) are not 100% identical.