Université Paris Sud

CRISPRs found in the submitted sequence(s)


Sequence: F0569

Sequence description :
Length (bp): 2249227
Number of CRISPRs candidates = 25
Confirmed CRISPRs = 22Questionable CRISPRs = 3
CRISPRs candidates localization

Rebuild a CRISPR, modify the DR sequence

Confirmed CRISPRs (22)
CRISPR id : tmp_1_Crispr_1
260316 ATTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCTAAGCGGTTCAGGTGTTCTACACGAGCGCTA 260378
260379 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TGTAGTTGCCCGCCTCCTTTTGGGATTCTGTAGGAT 260444
260445 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAAACCTTTTACGCTCTAAGCCAATAACATAAACTG 260510
260511 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAGATACAATTATTATATGAGAACTTTTGCAACCTTT 260577
260578 GTTTTTATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCTTAGTTGTTGTTCTTTTTTTTAATCAAACAAATCA 260644
260645 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTGTTTGCAACTGCAGAGGCGGGTACGCGCAGGGTT 260710
260711 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GCAGAGGCGCGCATCTCTCGCTTAGAGTCGATTCGCT 260777
260778 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 260808
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_2
260911 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTTGTCCTTCTTCATTACTCCCTTGATGATATCCT 260975
260976 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTAAGCTCCGTAAGAAGAAAGCCGCCTGTGCAATCG 261041
261042 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTAGTCTCAAAATAGGAGGAACTAACTCTTGTGGT 261106
261107 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTGTCGAAGATGTGGCGGATCGGCTGGCCGTAGAGT 261172
261173 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCCCCATTTCGGGGAAACTTTGCTTGTCGAAAATA 261237
261238 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTCCAATATGTCCGATAAGACCAAATGCCGATCTGC 261303
261304 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ATTCTGTGCAGACACGAGCGCACTATTTATCTCTAC 261369
261370 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TATATAACGGGGTTAAATTCGCGTATTTGCATTTTCA 261436
261437 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GGTACGCCTCCCTGTCTTGTTTCGCTTTTTCGGCA 261501
261502 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CAGGGCGGCATGACCCTGCCCGCCGCCCCTTTCAAG 261567
261568 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 261598
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_3
261701 NTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCTCCTTCTTGTCGAAGTCGGTGGACATGAGTCCGC 261766
261767 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACCGCTATCGTCGTATAGCCACCGCATATTAGCTAT 261832
261833 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTCTTGCACGGTCAATACCAGACAGGCGCGAAGCTG 261898
261899 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACCCAGTTCACGCAGGTGCTCTCGAACGTAAATCA 261963
261964 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAANN 261994
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_4
262095 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTCTATAAGAGCATTATCGAGGGCGGAAAGTTGTT 262159
262160 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGGCTTCTGCGAATGATTTTTGATCTAATCATTGTG 262225
262226 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TGTTCAACGACCGCGCGCTTTTGACGCAGGCAGTCT 262291
262292 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTTTCTGAAACAAAAAAAATCGCGTTTTTTGTTGTG 262357
262358 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCTTTTTCATTTATTCAATCTATAGTTAAACACTTT 262423
262424 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 262454
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_5
262553 NTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTGTAGTTGCTGTTTTGAGAAACAAAAACCATGTC 262618
262619 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTTTCTATCTCGCCGATTCGCTTTAGCTCTATATTT 262684
262685 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ATAGCCCTTTCTTTTTCCCGTCTGGTCTTATTCT 262748
262749 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACCCGAGCGCGCAGCCCGAGCGCGCGTATAAGGCTG 262814
262815 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 262845
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_6
262948 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGGAGTTTGTGAAACAACTTATCTCGCCTTTGAGA 263012
263013 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTGTTTGATGCCACAGATGTTTCGAAGCCCTTGA 263077
263078 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AACCTTTCGCATTCAAGACAACTTCTATAGTAGAT 263142
263143 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 263173
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_7
263276 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTACGTAATGATAGACGATAGAGATTGCGCAGAT 263339
263340 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AACATGCCTTTATTTATAATTTTAACACTTTCAATA 263405
263406 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCCGCAGACAGGGCGGAGTTGTGCAATATGCCGATC 263471
263472 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAN 263502
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_8
263601 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTTGATGCGACAACGCTTATTCGCAAGAGGTTGC 263665
263666 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGCCGTATTCCAATCGACGAGGAGACAATTCGAGA 263730
263731 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTGTCCGCGTGGGGGCAGTATAAAGGGGAGGCCGA 263796
263797 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 263827
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_9
263930 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCAAGAAAGAGCTGTCAGCGCGCAAGAAACGTCTGA 263995
263996 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTATTATGGTGGATATATCACTGAAGCCGGAAGACA 264061
264062 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTTCTTTACTCTATTTTATTTTCATACTCATGACCG 264127
264128 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGCGCGCATGTTCCGAGTTCCGTCTCGAAAAAATAT 264193
264194 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 264224
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_10
264327 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCGAAAACATTGCCACGCCGATAACGAACGTTTCAG 264392
264393 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTCGTGCCTATAGATTATCATAATTTCCCCGCAAT 264457
264458 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ATCGTACTGATAATTACGCTGCAAGGTCAAACGG 264521
264522 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACAGTGGAACCACTTTTCCGCTGCATCTTCTTGTCCC 264588
264589 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAATGATTTACTGTCAAGTAAAAGCGCGCCTTGATA 264654
264655 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GGATTCTCCTCAGAGATGAAATCCGGATTATCAAAA 264720
264721 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CTCCCGTTCTATCTCTATCTTCATACGCACGAGTTC 264786
264787 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 264817
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_11
264918 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGAACTTGACAAGACGGCAGTAAGCAAGATCAAGAG 264983
264984 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCATGTCCACCCGCTCGATGACGCCGCCGCCCGGGC 265049
265050 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ATCGCGGCGAAGGAGGAGGCGGAGTACCGCACAAGT 265115
265116 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 265146
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_12
265250 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AACTGGGCTTTGATAAGGTTGTCGTCGTCGAAACGGA 265316
265317 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACGCGAATTTAACCCCGTTATATACCCATACAAGCTT 265383
265384 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCGCAGGCGAAAACAAATAAGTCGCGTATGATTG 265447
265448 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCATATTCCTTGAAAAATTTTTTAGAACAATAGCCAG 265514
265515 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGGCAAGGGCGTTATGGTTAGCCCCGATCGTGACGA 265580
265581 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TGGTATAAGATCAACGAAATGCTGCAGCGCATGCTCAA 265648
265649 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GCGCGCCTACTTTTGAGGCGTAAAACAGTACGGAA 265713
265714 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGCTGAGCGAGGGCGAGGTCTTCACAGAGATGCAC 265778
265779 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGGTGATGTTATGCTCAAATGAAATGTGGAGTCCAT 265844
265845 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGGATATTAGTTTCTGTAGTTTTTCTTCTTCTTTTC 265910
265911 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGTCCATAGAAACTTCTTGAATTAGTTGAAGAAGTT 265976
265977 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GCGCAGCCGGGAAGGGATGCGAAAAATAAGTCTGAT 266042
266043 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 266073
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_13
266175 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAGCGGAAGAGTTGGGGCTGACGGGGGTCGAACTTAT 266241
266242 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TACCTCCTTGAAGACTGTATCCCCAGCCATGTACA 266306
266307 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GGCATATTCCCCATAACATCTTCTATAGGCTTTTTA 266372
266373 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACCCTTCAGGCAATGAAGTTGGGAAGTTCATAGTAA 266438
266439 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAGACAACTTCTATAGTAGATTGGAAGATATCCAT 266503
266504 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTGCCGACCAAACCACCGTGGCCGCGATGGTGCAG 266569
266570 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAGCTCTAAGGGCAAGCTCAATCTTGTGTGTAATTC 266635
266636 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GAATACTGCATTCGAATCTCGCGAGTCGCATTGTTT 266701
266702 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAGACTTTACACGTTGCTGGTATTCGCCGACTTTCA 266767
266768 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAN 266798
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_14
266900 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACGGGGGGGGGGGAAGCGGCCTGTTTATAGACGACTT 266966
266967 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CAAAAAGGGGAAGTAAGCCCCTCCATCCTCGACCGTA 267033
267034 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GTCGAATGTCCACGACGTTAACATTATAGCCCTCGA 267099
267100 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 267130
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_15
267233 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TGCGACGTCATCCAGCTTCAGATTTGCTGCCTTACAG 267299
267300 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACCGGTACGCTCTACATTTCCTCCTGCACTTGAGTA 267365
267366 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACGACGAACTCGTCAAGAACCCCCGCCGCGTCGATC 267431
267432 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CGAATTGTCGCCGCGGCATCCGTATCGTCTGCGAGA 267497
267498 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GCAATTTCCTTTGCGATGCCGATTCGTTCCTCCCCTT 267564
267565 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CAAGAAGTCTATTACAGACTATTACACGTCTTAT 267628
267629 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TCGAACCAAAAACTGAAGTTAATAACGTTAAACTTGA 267695
267696 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAN 267726
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_16
267824 NTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CCTCCAAGAGCCCATCTACGATATAGGAGCTGCTCTC 267890
267891 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT CATTGATAAAAAGTCTTTAAAAAGTAATAATTTGGA 267956
267957 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAAGATCCATTAGTAACGTTTGATGAGGAGCTCGGA 268022
268023 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 268053
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_17
268158 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAAAAAAATTTGAGATTTGCAAATTAAATATGAAATA 268224
268225 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT ACAATGAACGAAAAGAAAATTAAAACCATTTTTACAA 268291
268292 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TGTTTCAGATTCAAGCAAGTAGCTTGCTCTCTCCA 268356
268357 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AGCTACCCAAAAGCCTGCTATCTGTTTTTTCTGCCA 268422
268423 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TATAACGAGGGTTTTCCCAGTGCGCCCAGTTAAATG 268488
268489 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TATACTCGACACCTTGAGATACAGCAATCGGCGTC 268553
268554 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT AAGAAAGAGAACTGCAGGCGTGTAGCCTCATCGGGC 268619
268620 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAN 268650
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_18
268750 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TAAGAGGGAGATAATCTAACACAGACATACTCTTCT 268815
268816 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTGTTGCTGCTATGAGCCCAATTTCTTCTTGTAATCT 268882
268883 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT TTTAATTGACGCTTTTTCATAATTAAGGGAATCATCG 268949
268950 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT GCACCAATGTTAGGTTATTTACTGCTTCTTTATGCCT 269016
269017 GTTTTAATTCCTGTATGGTGCAATTGAAAT 269046
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_20
1732422 NNNNCTATACATACACAGTCCGTAAGGCTATTA AGACCTTGCTTCCTTGCCTCCTGTGTAATGCATTTCAACAT 1732495
1732496 CTCACTATACATACACAGTCCGTAAGGCTATTA AGACGTTAATTCTCCTTCCTCCCGGATTCCCCACTTGTTT 1732568
1732569 CTCACTATACATACACAGTCCGTAAGGCTATTA AGACATCATGCCCCATAAAGCAATGGAGATGAGTATGGG 1732640
1732641 CTCACTATACATACACAGTCCGTAAGGCTATTA 1732673
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_22
1831188 NNNNTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC AAGACGTGTCGGCGGACGAGCTAATCGACT 1831253
1831254 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC GGATATCACTGATTATTACTTGGATGAGGA 1831319
1831320 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC AGGAGGCAAGATGTTTTACTTCGACAAGAA 1831385
1831386 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCNNN 1831422
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_23
1831515 NNNNTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC ACACCCACTACTTATGAATTAACAGACTTT 1831580
1831581 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC AGATCGAAACGGGTATGCCTTACGTCTATG 1831646
1831647 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC GGATATCACTGATTATTACTTGGATGAGGA 1831712
1831713 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCCAAC ATTTATTTGTTATTAATTATGTTCTGAAAT 1831778
1831779 GTTGTGTGTACCCTTCGAATAGAGGGTAGATCNNNN 1831814
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_Crispr_25
2183054 CTAACGCTCGCTTGTAATATGCCTCGGCTTGGTCGTAAGCGTGACG GACATCCTTTAAGAATAAAGCATAATTGCCAAGAGTATTCGCATGATTCGGATCCGCCG 2183158
2183159 CTAATGCTCGCTTGTAATATGCCTCGGCTTGGTCGTAAGCGTGACG AATAGTATGTAAGAATGAGGCATAATTCCCAAGGGCATTAGCATTCTTCGGATCTGCCT 2183263
2183264 CTAATGCTCGCTTGTAATACGCCTCAGCTTGGTCGTAATCGTGACG AATATTCTTTAAGAATAAGGCATAATTCCCAAGAGTATTCGCATGATTCGGATCTGCCT 2183368
2183369 CTAATGCTTTCTTGTAATACGTCTCGGCTTGGTCGTAATCGCAACG AATATTATATAAGAAATTGGCATAATTGCCAAGAGTATTCGCATGATTCGGATCGGCCT 2183473
2183474 CTAATGCTCGCTTGTAATACGCCTCGGCTCTGTCGTAATCATGACA 2183519
Display spacers Crispr Properties





Questionable [*] CRISPRs ( 3 )
CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_19
356893 CCCGACTCAGCTCAAATCGCTGCCATGAAAGCAATGGC GGCAAAGATGAAAGCAAATGGAGGAAAGGGT 356961
356962 CCCGACTCGGCTCAAATCGCTGCCATGAAAGCAATGGC 356999
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_21
1743439 ACGATTGTCGGCTGACAATCGTTTCCT GCATCGTGCAGGACGTGATTGTCACGTGACGACGGCTTCCTGCATCGTGCACGGA 1743520
1743521 GTGATTGTCACGTGACAACGGCTTCCT 1743547
Display spacers Crispr Properties




CRISPR id : tmp_1_PossibleCrispr_24
2182569 CTAATGCTCGCTTGTAATACGTCTCGGCTTGGTCGTAATCGTGACG AATATTCTTTAAGAATACGGCATAATTGCCAAGAGTATTCGCATTCTTCGGATCTGCCT 2182673
2182674 CTAATGCTCGCTTGTAATACCTCTCGGCTTGGTCATAATCGTGGCG GATATCATTTAAGAATACGGCATAATTGCCAAGAGTAACTGCATTCTTCGGATCTGCCT 2182778
2182779 CTAATGCTCGCTTGTAATACGACTCGGCTTGGTCGTAAGCGTGACG 2182825
Display spacers Crispr Properties




[*]There are two kinds of "questionable" CRISPRs: